Анатолий Шкарупа в 1998 году окончил Алматинский институт энергетики и связи по специальности экономика и менеджмент в отраслях топливно-энергетического комплекса.

Трудовую деятельность начал ведущим специалистом отдела методологии тарифов Управления учета и статистики Департамента бюджета и учета ОАО «Казахстанская компания по управлению электрическими сетями КЕGOC;
1999-2001 годы — главный специалист отдела планирования бюджета, ценообразования и тарифной политики Департамента экономики ОАО «Казахстанская компания по управлению электрическими сетями КЕGOC;
2001-2002 годы — руководитель отдела ценообразования и тарифной политики Департамента экономики ОАО «Казахстанская компания по управлению электрическими сетями КЕGOC;
2002-2005 годы — заместитель директора Департамента планирования и экономического анализа ОАО «Казахстанская компания по управлению электрическими сетями КЕGOC.

В разные годы работал директором Департамента по регулированию и контролю в сфере электро и теплоэнергетики Агентства Республики Казахстан по регулированию естественных монополий; заместителем Председателя Агентства Республики Казахстан по регулированию естественных монополий; председателем правления акционерного общества «Казахстанский центр модернизации и развития Жилищно-коммунального хозяйства».

Работал акимом города Сарань Карагандинской области, занимал должности заместителя акима Карагандинской области, вице-министра энергетики РК.